飞越龙门客栈讲述了国家庆典前夕，首相突然失踪，与他最后接触的安全局长邱启贤因此成为最大嫌疑人。邱启贤的女儿邱默语（柯佳嬿饰）同样任职于安全局，为了替父亲洗清冤屈，她带着首相的女儿艾心前往龙门城寨，希望从中找到证明父亲清白的证据。
邱默语的青梅竹马周怀安（王阳明饰）原本正在国外受训，得知消息后赶回国内，也来到龙门城寨。城寨主人金湘玉（陈怡蓉饰）是个风情万种、身藏诸多秘密的女人；西区警探小刀（谢佳见饰）也卷入其中。四人在龙门城寨相遇，随着首相失踪案逐步展开，一段交织着爱恨与猜疑的关系随之展开。究竟谁才是绑架首相的真凶？四人的感情又将如何纠葛？
