《珍妮，日与夜》讲述了建筑学大一学生Jenkhwan的故事。热爱竞争的他与好友Pod打赌落败，只好在高中毕业典礼上女装登场。一次偶然的机会，Jenkhwan从醉酒男子手中救下了传媒艺术系新生Pin，并很快对她产生好感。然而，两人还没来得及深入了解彼此便再次分开。
没想到，命运很快让他们重逢。Jenkhwan发现，自己的名字竟然出现在女生宿舍的名单上，而分配给他的室友正是Pin。起初，他只想尽快弄清状况，把名字调回男生宿舍。可这时，Pod又提出了新的赌局，认定Jenkhwan不可能追到Pin。向来不轻易认输的Jenkhwan于是决定化身Jenny，留在女生宿舍，展开一段意想不到的校园生活。
