《SPEC：天》中，日本国家未来的掌舵者们齐聚御前会议，商讨一项以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，会上还提到了神秘的法蒂玛第三预言。几天后，负责秘密执行猎杀计划的政府成员突然在一艘游艇上集体木乃伊化身亡，案件随即交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）调查。
调查期间，两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶往现场时，意外遇见濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）。当麻将美玲带回未详系后，原本已经死去的阳太一十一（神木隆之介 饰）竟毫发无损地出现在众人面前。当麻拼命压制着蠢蠢欲动的左手，却只能眼睁睁看着美玲留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后，被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者之间的矛盾不断升级。夹在两方之间的当麻，开始对法蒂玛第三预言以及人类未来的走向感到迷惘。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物接连浮现，黑暗笼罩的未来，是否终究无法避免？
