《鬼拳3》讲述了百年前魔尊横行人间、无人能敌的故事。为了阻止魔尊继续祸害世人，鲛人一族的大长老耗尽全族之力，布下鬼火七星阵（鬼一）、罗生不死阵（鬼二）、侍魂阵（鬼三）、东海永生阵（鬼四）和往生修罗阵（鬼五），并牺牲自己化作阵法守护神，终于将魔尊封印，使其永远沉睡于幽灵岛。
担心后人误入阵中唤醒魔尊，鲛人一族又在阵法入口处建起一座岛屿，世代承担守护封印的使命。然而千年之后，阵法力量逐渐衰弱，封印开始出现破裂，世间也随之妖魔横行。魔尊被封印时逃逸出的几道残魂不断侵入宿主，借助他们破坏各重阵法，企图冲破封印，重返人间。
