《药屋少女的呢喃第三季》中，子之一族引发的叛乱终于完成善后，猫猫也回到花街，继续过着药师的日常生活。某天，绿青馆端上的早餐让她察觉到一丝不寻常。为了弄清这份违和感的来源，猫猫再次展开调查。
另一边，壬氏公开了自己身为皇弟的真正身份，也不得不正面承担随之而来的责任。然而，楼兰临别前托付给他的那句“国家即将遭受灾害的征兆”，始终萦绕在他的心头。与此同时，关于一名能够蛊惑人心的神秘仙女的传闻开始流传，茘国再度被不安的阴影笼罩。
这一次，故事的舞台将从后宫延伸至市井，甚至跨越边境来到邻国。等待着猫猫与壬氏的，将是全新的考验。
