独孤九剑以五代十国诸国割据、战火不断的乱世为背景。后唐覆亡于后燕之手，公主在柳若雄与赛小菁夫妇的护送下踏上逃亡之路。临终前，父亲将一支暗藏宝藏秘密的玉箫交给她，并留下复国希望：只要找到宝藏，便有机会重振故国。然而途中三人不幸失散，公主误入夏侯谷，结识了原为后晋太子的夏侯瑭。
夏侯瑭正受姑姑逼迫，苦练足以助其复国的独孤九剑，而公主恰恰是他灭国仇人的后代。由于双方都没有揭穿真实身份，夏侯瑭几次舍命相救，反而让两人在危难中逐渐产生真情。与此同时，柳若雄落入燕国师之手，对方以利益相诱，使他渐渐生出背叛之心。
