提欧奥特曼的故事发生在宇宙深处的行星“H12”。这颗与地球极为相似的星球，某天突然遭到来自外星的宇宙怪兽袭击。故乡在崩毁中走向灭亡之际，一名名为“提欧”的外星人独自逃往地球。这个孤独的外星灵魂，最终将蜕变为“奥特曼”。
来到地球后，提欧化身为明心大学兽医学部兽医学科三年级学生“光石息吹”。虽然他始终难以适应地球人的生活常识，却能够与自己喜爱的动物心灵相通，并在大学校园里过着平静的日子。然而，那只曾摧毁他家乡的宇宙怪兽突然现身，地球也随之陷入迫在眉睫的危机。当“想要守护一切”的强烈愿望唤醒了那颗曾被过去记忆所恐惧的心，耀眼的光芒笼罩息吹，他的身姿最终化作——蓝色的光之巨人！
