《独立日》的故事发生在未来某年的7月2日。美国各地的监视站发现，一艘直径达数百英里的庞大飞船正朝地球逼近。它发出的无线电信号干扰了地球通信卫星，随后又释放出多艘直径约15英里的子飞船，分别悬停在全球各大城市上空。面对身份和目的都不明的外星来客，人类陷入恐慌与迷茫。
电脑工程师戴维（杰夫·戈德布拉姆饰）成功破译了外星信号，发现那竟是即将发动攻击的倒计时。他设法将这一消息告诉前妻、总统助理康妮，但一切已经太迟。7月3日，外星飞船正式向地球发动袭击，人类文明顷刻间遭受毁灭性的打击。总统（比尔·普尔曼饰）等人撤往军事基地，组织空军展开反击，却完全无法抵挡敌人的攻势，连军事基地也在战火中被摧毁。危急关头，飞行员史蒂文（威尔·史密斯饰）成功诱使一架外星战斗飞艇坠毁。
幸存者随后逃往一处秘密军事基地。那里一直保存并研究着一艘五十多年前坠毁的外星飞船，科学家们正竭力寻找击败外星人的方法。这座基地，也成为人类最后的希望。
