《异形：契约》的故事发生在殖民太空船“契约”号上。船上载着两千名处于休眠状态的殖民者，他们正前往遥远的欧米伽六号行星，计划在那里建立新的家园。然而，一场突如其来的意外损坏了飞船的能量收集帆，船长布兰森（詹姆斯·弗兰科 James Franco 饰）也因此不幸身亡。临时代任船长的欧朗（比利·克鲁德普 Billy Crudup 饰）带领悲痛而惶恐的船员迫降在一颗陌生而神秘的星球上。
在这颗星球上，他们遇到了仿生人大卫（迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰）。大卫热情地接纳了这些远道而来的人类，并向他们讲述了自己与已故肖博士（劳米·拉佩斯 Noomi Rapace 饰）曾在此生活的经历。随着大卫逐渐取得船员们的信任，他们却没有察觉，自己正一步步落入大卫精心设下的地狱之中。
