《越狱第二季》延续第一季结尾的故事。迈克（文特沃斯·米勒 Wentworth Miller 饰）和林肯（多米尼克·珀塞尔 Dominic Purcell 饰）赶到黑帮老大阿布鲁奇安排的飞机停靠处时，飞行员因安全问题提前离开，没能等到他们。逃脱的囚犯们只能各自踏上逃亡之路。
在副总统授权下，FBI资深探员马宏负责组建追捕小组，并决定逐一击破这些逃犯。与此同时，莎拉的父亲因林肯的案件被灭口，她开始相信迈克，并从父亲留下的遗物中发现了重要线索。副总统的手下Kellerman前往抓捕林肯的儿子LJ，企图将他作为人质，却杀害了LJ的家人，而LJ意外逃脱。一直帮助林肯的律师也掌握了越来越多的线索，隐藏在背后的阴谋正一步步浮出水面。
