《星际之门：亚特兰蒂斯第一季》讲述了一个关于远古文明、星际探索与生存抗争的故事。数百万年前，高度发达的先进种族Ancient曾以地球为基地，但不知出于何种原因，他们最终离开地球，前往未知之地，只在南极留下了一座前哨站。后来，Jack O'Neill将军利用前哨站中的Ancient武器，消灭了前来袭击该地区的Goa'uld舰队。此后，各国展开合作，成立南极联盟，致力于研究前哨站里的Ancient科技，并推动国际合作与和平。
随着研究深入，人类终于发现Ancient离开地球后前往的地方——飞马座星系。为了探寻被掩埋的历史、探索未知世界，各国组建了亚特兰蒂斯探险团队，并通过星际之门抵达那座数百万年前从地球飞往飞马座的亚特兰蒂斯城。然而，地球人的到来意外唤醒了统治飞马座星系的可怕种族Wraith。Wraith拥有先进科技和强健体魄，性情粗野残暴、毫无信义，并将人类视为牲畜，以吸取生命为生。一万年前，他们击败Ancient，迫使其逃回地球。探险队随后还发现了一个惊人的事实：Wraith竟是Ancient进行实验后产生的产物。为了对抗这个强大的敌人，亚特兰蒂斯小队不得不穿梭于飞马座各个星球之间，与当地原住民建立联系，寻找抵御Wraith的方法，并在一次次险象环生的旅程中努力求生。
《星际之门：亚特兰蒂斯》英文名为Stargate Atlantis，简称SGA，最初是《星际之门：SG-1》的衍生剧集。原本，《星际之门：SG-1
