《绝命毒师第三季》的故事承接上一季。此时，金钱短缺和癌症侵袭已经不再是沃尔特（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 饰）最棘手的难题，家庭关系濒临破裂才真正令他痛苦不堪。妻子斯凯勒（安娜·古恩 Anna Gunn 饰）坚持离婚，沃尔特只得搬离家中，住进新的住所，而这也意外为他与大毒枭古斯（吉安卡洛·埃斯珀西多 Giancarlo Esposito 饰）展开合作提供了便利。
与此同时，为了替已经死去的图可（雷蒙德·克鲁兹 Raymond Cruz 饰）报仇，两名冷酷的杀手盯上了汉克（迪恩·诺里斯 Dean Norris 饰）。一场激烈交锋过后，汉克身受重伤。局势逐步失控，沃尔特也陷入前所未有的危机之中。尤其是面对新的搭档盖尔（大卫·科斯塔贝尔 David Costabile 饰），他清楚地知道，一旦盖尔掌握了自己独创的制毒技术，古斯很快就会将他除掉。
