《疑犯追踪第二季》由《迷失》制片人J.J. Abrams和Bryan Burk共同打造。故事承接第一季：Finch（迈克尔·爱默生 Michael Emerson 饰）遭神秘的Root小姐绑架后，“西装男”John Reese（詹姆斯·卡维泽 James Caviezel 饰）不得不向纽约警局凶杀科的朋友Carter（塔拉吉·P·汉森 Taraji P. Henson 饰）和Fusco（凯文·查普曼 Kevin Chapman 饰）求助。经过周密调查，三人终于成功救出Finch，但Root趁机逃脱。表面上，一切似乎重新回到正轨，暗地里却危机四伏。Root一心想让Finch研发的程序公之于众，而他们还必须查清HR真正的幕后黑手。与此同时，联邦调查局和中央情报局也在全力追查John的下落。只要那台机器仍然存在，这座城市就注定不会让他们得到片刻安宁。
