华佗（林文龙）自幼聪颖，对医术抱有浓厚兴趣，后来因缘际会拜名医张仲景为师。一次，关云长（尹扬明）带同乡前来求医，华佗察觉对方病情异常，并非普通伤寒，于是结合《伤寒论》和《滋阴论》，成功研制出治疗瘟疫的方法。然而，当时百姓深信鬼神之说，加上小人从中作梗，华佗屡遭迫害，甚至惹上杀身之祸。张仲景的长女张妙心（伍咏薇）与华佗情投意合，毅然决定下嫁于他，并陪伴华佗一同逃亡。
迁居许昌后，华佗坚持不分贵贱、竭力救治每一名病人，即使面对病情沉重者也从不放弃。然而医治屡屡失败，使他被人讥为“医死人大夫”，生活也日渐困顿。后来，华佗治好了曹操（黄日华）幼子多年的顽疾，深得曹操赏识，被封为太医院监，并着手编撰医学大全。可惜好景不长，曹操的奸雄本性逐渐显露，竟命华佗研制毒药，杀害关云长的部下。华佗不齿曹操的所作所为，转而投靠关云长。此时曹操的头风病发作，恼羞成怒，更以斩杀太医院三百余人为威胁，逼迫华佗返回许昌为自己治病。明知此行凶险万分，华佗仍不得不踏上归途，难道这一切早已是命运的安排？
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