极速档案国语讲述了九七香港回归后，香港与内地警方携手打击跨境犯罪的故事。随着两地交流合作不断深入，香港警方与靖海公安在国际刑警中国区的协调下成立联合行动组，由靖海市公安田局长负责领导。黄莉莉、张宏伟、谢带金等香港刑警来到大陆，与尤小宝、尤志健父子、杨敏琪等内地警员并肩作战，共同迎接一场场艰险的挑战。
联合行动组接手的第一个案件，是犯罪团伙以粮食进出口为掩护进行毒品走私。内地公安马长军深入团伙内部，成为走私头目李贵媚的保镖，并逐渐取得她的信任。为了不暴露身份，即使心爱的女儿身受重伤，他也无法前去探望，妻子因此十分失望。在马长军的配合下，警方最终掌握了走私团伙的全部情况，将罪犯一网打尽。经过这次行动，香港与内地刑警建立了深厚友谊，也被马长军无私奉献的精神深深感动。
胜利尚未完全平息，美丽的香港刑警黄莉莉突然遭到绑架。警方发现，凶手专门袭击长发年轻女性，且具有异常而扭曲的犯罪心理。就在调查深入之际，马长军的妻子也被绑架并惨遭杀害。面对丧妻之痛，他强忍悲痛安顿好女儿，第二天便重新回到工作岗位。香港与内地专案组被他的坚强所感动，众人齐心协力，最终将这名心理变态的杀人狂绳之以法。
与此同时，香港一伙盗车贼将偷来的车辆经第三国边境走私到靖海市，再转销内地，严重扰乱了香港和内地的治安。国家海关与公安部要求靖海市尽快查明案情，铲除这个走私团伙。由于犯罪源头在香港，两地警方再次展开合作。杨敏琪在与回到内地做生意的生父接触时，察觉其公司存在异常，后来发现自己同父异母的弟弟正是盗车走私团伙的骨干。在敏琪母女的感召下，她的生父最终大义灭亲，协助警方破获了这起大型走私案，敏琪也因此赢得了大家的尊敬。
香港著名罪犯、爆炸专家丁子山因对社会不满，曾多次在香港制造爆炸事件，并长期藏身东南亚。后来，他再次将犯罪触角伸回香港，还在靖海市公然制造爆炸，企图挑战两地
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