神笔马良讲述了一个热爱绘画、调皮淘气的孩子马良的故事。他生活在百花村，村民们原本过着宁静的日子，却被突如其来的炮声打破。一个贪婪凶残的大将军挟持着小皇帝来到村庄，妄图赶走当地百姓，挖掘地下的金矿。
泼墨仙人察觉到百花村即将遭遇劫难，特地下凡，将一支神笔托付给马良，希望他能够挫败大将军的阴谋。得到神笔后，马良画出了摇钱树、猫、鼠等伙伴，与他们并肩面对困难、守护家乡。这些新成员不仅帮助村民解决了许多难题，也带来了不少令人捧腹的趣事。
得知神笔存在后，贪婪的大将军费尽心机设下骗局，从马良手中骗走神笔，并企图毁灭百花村。在村民和伙伴们的帮助下，勇敢的马良最终保卫了家园，打败了大将军。经历这场磨难后，他真正理解了神笔的用法与意义，也在战斗中逐渐成长。
