《想星的大天使 Myth of Emotions》以一句“请想起来吧，那些曾经拥有翅膀的时光”为引，回应一万两千年前的思念，让两颗残缺的心彼此相连。当太阳、月亮与火星相遇，全新的合体旋律也将随之奏响。
在漂浮于湘南海面的江之岛上，坐落着风景秀丽、宁静宜人的私立江之岛学园。来自全国各地的优秀孩子汇聚于此，接受利用尖端设备开展的英才教育。萨科、利米亚与托希被选入特殊强化班“元素”，并奉命驾驶由情感力量驱动的战斗机“Vector Machine”，被迫迎战神秘的侵略兵器“神话兽”。
战斗过程中，萨科受到不可思议的幻象引导，高声喊出：“想星合体！GO，阿奎利昂！”在不断轮回的尽头，机械天翅阿奎利昂终于现身。背负宿命的少年少女，与神秘组织“宇宙たまごの会”以及大人们各自交错的谋划……
