《绝世战魂第二季》讲述了四大宗门之首玄灵宗时隔多年再次来到临水城选拔弟子的故事。面对这一可能改变两家命运的机会，方家与秦家展开了激烈的明争暗斗。最终，秦南凭借刻苦修炼、出众天资以及奇遇获得的战神之魂，在使者萧轻雪公正裁决下成功扭转局势，击败方家。
进入玄灵宗后，秦南因卷入萧轻雪被迫联姻一事，遭到宗主之子欧阳君的敌视。为了持续提升实力，也为了报答萧轻雪的知遇之恩，秦南一路迎战强敌，先后夺得万象大比和外门大比第一，并与四大宗门的天才共同闯入武缘阁，意外获悉足以震动大陆的惊天秘密。此后，他与冷锋相约生死殿，破解北海家围困临水城的危局，探索九字真言塔，立誓与宗门中的邪恶势力抗争到底。
