情事缉私档案国语2002讲述了私家侦探何奇通（郭蔼明饰）的故事。她是奇通私家侦探社的负责人，一次受托调查一名警察妻子丈夫出轨的证据时，结识了警察耀祖（郭晋安饰）。耀祖经常替同事掩饰婚外情，让深恶出轨男人的奇通对他极为反感，认定他和那些不负责任的男人没有分别。
奇通从小便痛恨婚外情。她的父亲在她年幼时因出轨离家，母亲也因此郁郁而终，她则在侦探社负责人德叔（秦沛饰）的照料下长大。完成调查任务后，奇通与耀祖结下了梁子。后来，她重遇中学好友宝怡（汤宝如饰），得知对方竟是耀祖的女友，于是不断提醒宝怡提防耀祖，还教她学习跟踪，令耀祖不胜其烦。
一次，耀祖因工作需要出入色情场所，被奇通拍下照片。宝怡拿着照片向耀祖质问，导致他的工作受到影响，也让耀祖更加憎恨奇通。没过多久，宝怡怀孕并准备与耀祖结婚，然而婚礼当天却突然失踪。深爱宝怡的耀祖四处寻找，最终因多日旷工被警队开除。
奇通对耀祖心生怜悯，也意识到自己或许需要为他的遭遇承担部分责任，于是请德叔邀请耀祖加入侦探社。为了寻找未婚妻，加上生活所迫，耀祖最终成为侦探社的一员。自此，两人从针锋相对的冤家搭档，携手展开了一宗又一宗与感情纠纷有关的调查。
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