《噬神者》讲述了五十年后的未来：世界几乎被“神”吞噬殆尽，曾经的文明只剩下一片荒芜。突如其来的怪物“荒神”打破了世界原有的平衡，而人类制造的传统武器也因荒神具有捕食一切的本能，纷纷失去了作用。
面对灭亡危机，生化科技企业“芬里尔”利用荒神细胞，成功研发出名为“神机”的生物兵器，并组建了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于拥有了能够与荒神抗衡的力量。一场关乎物种延续的战争，就此在人类与追求知性极致的荒神之间展开。
GOD EATER的任务，是击退靠近地下居住区的荒神，并将它们的核心与素材带回。在这个濒临毁灭的世界里，玩家将扮演一名神机使，在与死亡不断擦肩而过的日子中投入战斗。走到毁灭尽头的那一刻，究竟是神先成为人，还是人先成为神？竞争由此开始。
