《反叛的鲁路修第一季》讲述了帝国王子鲁路修的故事。母后遇害后，他与失明的妹妹一同被流放到11区，也就是原日本国，作为牵制帝国的 人质。在那里，他们结识了日本王子朱雀，三人曾共同度过一段快乐而平静的童年时光。
然而，帝国最终全面攻占11区，鲁路修和妹妹的安稳生活再次被打破，朱雀也与他们失散。此后，兄妹二人隐瞒真实身份，过着看似普通的学生生活。表面上的平静并未消除鲁路修对帝国的憎恨，他始终希望摧毁这个国家，为妹妹创造一个能够幸福生活的世界。神秘少女C.C.的出现，让这一愿望逐渐有了实现的可能。
与此同时，朱雀再次回到他们身边，但残酷的现实让昔日好友很难重新找回童年的亲密关系。在这个世界里，真正存在的并非简单的正义与邪恶、光明与黑暗，而是一场场艰难的抉择，以及无法预知的未来。
