《火线警告第六季》讲述了特工迈克尔·韦斯顿（Jeffrey Donovan）遭遇火线警告后的经历。执行任务期间，他突然被情报机构解雇，却没有收到任何正式解释，反而成了被系统遗忘的人。迈克尔既不知道自己究竟犯了什么错，也不清楚得罪了谁，只能返回家乡迈阿密，着手查明真相，为自己讨回公道。
由于身份被切断，他无法再与过去的线人联系，还必须时刻躲避间谍网络的追查。为了获得调查所需的信息，迈克尔运用多年积累的特工技能，协助迈阿密警方解决各种棘手案件，逐步赢得他们的信任，再借助警方掌握的线索，暗中追查自己遭到火线警告的真正原因。
