天空之艾斯嘉科尼讲述了十五岁少女神崎瞳（坂本真绫配音）的故事。她只是一个普通的高中生，暗恋田径队的学长天野，却始终没有勇气说出自己的心意。一天，瞳得知天野一家即将移民，这意味着两人或许再也无法相见。与此同时，种种诡异的景象不断闯入她的梦境，仿佛真实发生过一般，令她深感困惑。
在神秘声音的指引下，瞳来到了异世界盖亚，并现身于龙之铠甲艾斯嘉科尼之中。她这才得知，自己其实是羽翼之神，也是唯一能够拯救盖亚、终结其与黑龙族战争的人。面对突如其来的沉重使命，瞳逐渐体会到生命的重量。为了守护这片纯洁的土地，她与龙族年轻的国王邦（关智一配音）并肩作战，决心共同面对即将到来的战斗。
