《揭秘731部队：日本的秘密人体实验》是一部分为两部分的调查纪录片，深入揭示日本战时最隐秘的计划之一——731部队及其致命的人体实验与生物战行动。
故事围绕清水秀夫展开。作为这支部队最后幸存的成员之一，年逾90岁的清水在沉默数十年后，首次讲述自己十几岁时作为新兵，在中国哈尔滨的731部队大楼内亲眼见到的一切。影片结合幸存者证词、解密档案，以及日本、中国、新加坡、英国和美国等地的调查资料，呈现731部队如何研发生物武器、实施人体实验，并对平民发动细菌袭击。
与此同时，影片还追溯了战后的种种决定，揭示包括日本与美国达成的秘密协议在内的安排，如何使这些真相被掩盖数十年。80多年过去，731部队内部的经历终于被重新揭开，这段战争时期最严密隐藏的历史，也再次引发追问：为什么正义始终未能得到伸张。
