《名侦探柯南日语版》中，工藤新一是全国闻名的高中生侦探。在追查黑衣人犯罪团伙时，他被团伙成员发现并击晕，随后被迫服下神秘药物，身体竟变回了小孩。为了躲避犯罪团伙的报复并继续寻找解药，新一前往求助于经常帮助自己的阿笠博士。博士为他量身打造了多种间谍装备，新一也决定隐姓埋名，化身为江户川柯南，暗中调查黑衣人的行踪。
就在这时，新一的女友毛利兰来到阿笠博士家寻找他的下落。情急之下，新一谎称自己名叫江户川柯南，之后便寄住在小兰家中。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，柯南借此机会跟随他四处办案，一边破解案件，一边追查黑衣人犯罪团伙。进入小学后，柯南还结识了步美等同学，并与他们组成少年侦探团，共同向各种罪犯发起挑战。
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